我所生物大分子模拟与设计研究工作在中科院第三届超算大会上荣获首届最佳应用奖

  816日,由中科院信息化工作领导小组办公室和计算机网络信息中心在黄山共同举办的中科院第三届超算大会上,我所分子反应动力学国家重点实验室分子模拟与设计研究组(1106组)李国辉研究员荣获首届最佳应用奖。 

  本次大会有来自我院天文、大气、材料、物理、化学、化工、地理、航天、生物医药等学科领域的计算科学研究人员共140余人参会,入围的研究领域项目共有18项,其中三项获得了首届最佳应用奖,另外两项最佳应用奖分别由过程所葛蔚研究员和力学所李新亮研究员获得。 

  李国辉研究员获奖的题目是“高精度通用蛋白质大规模分子动力学模拟并行算法的实现”。在蛋白质分子动力学模拟研究领域,决定模拟结果正确与否的关键因素有两个:一个是描述原子分子之间相互作用的势函数的准确度,另外一个就是蛋白质分子构象采样的效率。李国辉研究员首次提出了结合目前最准确的蛋白质势函数及其计算方法之一——MFCC以及最好的蛋白质构象采样技术之一——REMD的高精度蛋白质模拟新方法,在目前世界最快的超级计算机、我国自行研发设计的天河二号上率先实现了针对包含106氨基酸的蛋白质采用28.5CPU核进行分子动力学模拟,并行效率达到了32.5%,打破了原有认知中只有超大尺寸(包含几千万或更多原子数目)蛋白质才能使用超级计算机进行分子动力学模拟的传统理念,为超级计算机在生命科学、生物能源及生物医药等相关领域的应用开辟了新的研究方向。(文/楚慧郢、李国辉) 

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